功能性醫學探討的是多不飽和脂肪酸，這是群容易氧化、酸敗、或氫化的物質，所以必須避免接觸氧氣、熱、光，也不能儲存過久。

脂肪酸的三項主要生理功能：

是組成細胞膜成份，調節細胞膜的柔韌性和訊號受器感度。

是生理調節分子的前趨物，如前列腺素和白三烯。

也有基因表現的調節功能。

某些脂肪酸的飲食缺乏或體內代謝合成缺乏，會產生某些生理功能異常。如果未經深究，有時醫師會以藥物或手術來治療這些原本補充缺乏的脂肪酸，就能改善的疾病。

Omega-3和omega-6多不飽和脂肪酸是血栓素、前列腺素、白三烯、和異前列腺素的主要主導物，而omega-9多不飽和脂肪酸則重要性少很多。

花生酸群則代表了血栓素、白三烯、前列腺素這群20碳脂肪酸的代謝物。每天人體約合成1毫克的前列腺素。前列腺素是作用在代謝合成的位置，所以不屬於內分泌，而算是自泌素或旁泌素。而且很快就代謝成其他分子，所以作用半衰期也短。像血栓素大概是持續數秒，白三烯是最長4小時。

Omega-3和omega-6的兩群脂肪酸大致會有相反的作用。所以這兩群脂肪酸比例需要在量上達成均衡，來恆定體內的生理功能。一般來說，omega-6過多合併omega-3過少，會加重疾病的嚴重度或增加罹病的機會。譬如說癌症、心臟病、糖尿病、關節炎、過敏、自體免疫疾病、憂鬱症、躁鬱症、精神分裂等等。

（整理自Intergrative Orthopedics, 3rd Ed. By Dr. Alex Vasquez)